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TRAS技能初次提醒大蒜鳞茎瓣形性状调控网络

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日期:2018-08-07

  克日,皇家百家乐-皇家百家樂手机版(中国农业迷信院北方经济作物研讨中央)结合北京诺禾生物技能公司配合开辟了一个以转录组为参考序列的联系关系研讨剖析办法(Transcriptome-referenced association study,TRAS),并基于此办法初次提醒了大蒜鳞茎瓣形性状的调控网络,相干研讨后果在线发布在国际威望刊物《脱氧核糖核酸研讨(DNA Research)》上。

  种植种大蒜普通不育,难以构建遗传剖析群体,并且大蒜基因组巨大,招致大蒜农艺性状遗传和分子根底简直未知。新一代测序技能(NGS)联合全基因组联系关系研讨剖析(GWAS)战略固然已被普遍用于作物农艺性状的遗传根底剖析,条件条件是物种需具有参考基因组,无参考序列的简化基因组测序联合GWAS剖析无法取得目的性状候选基因,这极大限定GWAS技能在无参考基因组物种中的使用。为此,皇家娱乐场结合北京诺禾生物技能公司配合开辟了一个TRAS技能。其剖析步调如下:以全长转录组为参考序列展开群体单核苷酸多态性(SNP)标志基因型判定及群体中基因表达(GE)定量;SNP标志联合性状展开全基因组联系关系剖析,从而确定联系关系的转录本;联系关系转录本的GE与性状展开皮尔逊相干性剖析,确定在DNA序列和基因表达上与性状相干联的候选基因;表达数目性状位点(eQTL)剖析确定候选基因间的互作干系。

  为验证TRAS的可行性,该研讨团队应用此办法剖析了大蒜鳞茎瓣形性状的遗传根底。应用102个大蒜中央种类,共鸣别36个在DNA序列上与大蒜瓣形性状相干联的转录本,此中22个转录本的GE值也与性状相干联。因而,这22个转录本被确定为瓣形性状候选基因。eQTL剖析发明,在这22个候选基因中,13个基因存在互作,且互作基因的GE值也呈明显相干。基于这13个基因的互作干系,他们乐成构建了大蒜瓣形性状调控网络。大蒜鳞茎瓣形性状遗传构造的初次剖析,将不只有助于推进大蒜农艺性状遗传和育种研讨,也为剖析大蒜鳞茎器官的构成机制及性状的改进奠基了根底。同时,TRAS技能也为别的无参考基因组物种的性状剖析提供了新办法。

  比年来,为顺应我国北方地区农业开展需求,皇家娱乐场积极调解学科结构,建立了“三三制”学科开展计划,在北方饲料作物、特征蔬菜等新兴团队根底上,依据皇家娱乐场2018-2020年研讨所开展计划,在北方葱姜蒜、北方农田面源净化和北方果树等方面积极拓展。本研讨效果是皇家娱乐场学科拓展获得结果的紧张表现。

  皇家娱乐场刘头明研讨员和梅时勇研讨员为本论文的通讯著作人,皇家娱乐场陈小军博士和诺禾生物技能公司刘霞为该论文的并列第一著作人。该研讨失掉中国农业迷信院科技创新工程的支持。

  文章地点:http://academic.oup.com/dnaresearch/advance-article/doi/10.1093/dnares/dsy027/5066954

  

  

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